Mit dem Bundesbeschluss wurden 2008 insgesamt 5,4 Milliarden Franken für den weiteren Ausbau bewilligt. In der Ostschweiz sollen damit gemäss Botschaft folgende Angebotsverbesserungen realisiert werden:

Zürich–Winterthur–St.Gallen: Kapazitätserweiterung und Beschleunigung

Seit 2015 verkehrt zwischen St.Gallen und Zürich ein dritter Zug des Fernverkehrs. Dieser verkehrt ohne Halt zwischen St.Gallen und Winterthur und hält in Zürich im Durchgangsbahnhof Löwenstrasse. Die Fahrzeit St.Gallen–Zürich beträgt damit noch eine knappe Stunde, die Fahrzeit St.Gallen–Bern noch zwei Stunden. Gemäss der Vorlage zum Bahnausbauschritt 2035 ist vorgesehen, die Strecke für Züge mit Wankkompensation zu ertüchtigen. Die Reisezeit kann so nochmals reduziert werden.

Ausbauten in Elgg sowie zwischen St.Gallen Winkeln und St.Gallen erlauben seit Ende 2018 die Führung eines vierten Fernverkehrszugs zwischen Zürich und St.Gallen. Das Angebot im Fürstenland wurde systematisiert. Uzwil und Flawil erhielten halbstündlich direkte Züge nach Zürich. Bis 2023 werden die Perronanlagen in Wil erweitert. Dank längeren Zügen kann die Zahl der Sitzplätze deutlich erhöht werden. Die Fahrzeit der Güterzüge Richtung Ostschweiz reduziert sich.
 

St.Gallen–Weinfelden: Taktverdichtung

Dank dem Ausbau der Kreuzungsstationen in Hauptwil und Kradolf ist es seit Ende 2018 möglich, die S5 zwischen St.Gallen und Weinfelden halbstündlich und mit Halt an allen Stationen zu führen.

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