Neben den beiden Hauptbeständen verwaltet das Stiftsarchiv noch weitere Bestände bzw. Deposita, darunter die Archivalien des Benediktinerinnenklosters St. Wiborada in St. Georgen, die Akten- und Bücherreihen des stiftsanktgallischen Ancien Régime aus dem Besitz der Katholischen Administration, das Familienarchiv von Thurn-Wartegg sowie die noch erhaltenen Archivalien des adligen Damenstiftes Schänis. Als Depositum der Katholischen Administration liegt auch der Nachlass des letzten St.Galler Fürstabts, Pankraz Vorster, im Stiftsarchiv.

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