
Barock
1623
werden Patres aus Muri, darunter P. Augustin Stöcklin, später Abt in Disentis, zur inneren Reform der Abtei als Administratoren von Pfäfers eingesetzt.
1626-1637
führt der Glarner Jodok Höslin als Abt eine erste barocke Blüte der Abtei herbei.
1631
Die heisse Quelle von Pfäfers wird an den Ausgang der Schlucht herausgeleitet.
neues Fenster
1631
6. Juni: Übertragung von Reliquien des vermeintlichen Klostergründers St.Pirmin von Innsbruck nach Pfäfers.
1636
Pfäfers erhält die Exemption in innerklösterlichen Angelegenheiten vom Bistum Chur.
1665
19. Oktober: Die Pfäferser Klosteranlage wird völlig eingeäschert.
1672
8. August: Grundsteinlegung des neuen Klosters durch Administrator Antonin von Beroldingen. Der Konventbau wird 1677 vollendet.
1677
8. März: Mit der Wahl des Einsiedler Konventualen Bonifaz Tschupp von Sursee beginnt eine zweite barocke Blüte.
neues Fenster
1694
10. Oktober: Die 1688 begonnene, im frühbarocken Stil errichtete Klosterkirche wird eingeweiht.
1704-1718
werden die beiden neuen Badhäuser im Bad Pfäfers errichtet.
1707
14. Februar: Pfäfers wird völlig von Chur eximiert und braucht bei der Abtwahl die Konfirmation des Bischofs von Chur nicht mehr einzuholen. Die Kollaturen werden dem Kloster inkorporiert und können von nun an mit Konventualen besetzt werden. In der Folge wirken auf den meisten Pfäferser Pfarreien Mönche des Klosters als Seelsorger.
1728
29. September: Feierliche Prozession der neugefassten Reliquien der römischen Katakombenheiligen Bonifaz (1678 nach Pfäfers überführt) und Flavian (1725 nach Pfäfers überführt).
1742
wird der langwierige Streit über die politischen Rechte der Abtei mit den eidgenössischen Orten beigelegt.
1747
29. September – 3. Oktober: Besuch von Kardinal Angelo Maria Quirini OSB in Pfäfers.